天正１８年（１５９０年）、北条氏の滅亡によって傘下にあった和田城も落城して、和田氏も滅びたが、その後、和田の地は箕輪の地として支配された。
当時、箕輪城主であった井伊直政は家康の命によって、慶長３年（１５９８年）この和田の廃城跡に城を構え、箕輪から町家や社寺を移して城下町の基礎を築き、地名を高崎と改めて高崎城と共に城下町が誕生した。
和田城は鎌倉初期、和田正信が築いたと言われ、戦国期は和田業繁・信繁父子の拠った和田城は規模も小さく、下之城と並榎の砦の二つの外堡をもっていたが、高崎城ではこれを廃止して城自体の強化につとめた。
井伊氏築城以来の整備の中で、とりわけ高崎城が整ったのは、元和５年（１６１９年）安藤重信着城以来三代７７年の間で、城郭は大いに改修されて、この時期にほぼ完成された。
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現在の遺構は三の丸外囲の土居と堀の大部分のみであるが、この高崎城には、県下で唯一の城郭建造物である乾櫓と東門が現存し、明治初年の御三階櫓の写真や「高崎城大意」「高崎城断面図」「御城御土居通ほか、御植物木尺附絵図」ほか、多くの「高崎城之図」等の資料が保存されており、これらによって往時を知ることができる。